Pada awal berdiri Pesantren ini Namanya adalah “ Pondok Pesantren Modern Muhammadiyah Langkat – Binjai “, kemudian diubah berdasarkan surat Pimpinan Pusat Muhammadiyah Nomor 939 /I.0/B/2020 Tentang Pengesahan Pendirian Amal Usaha Muhammadiyah Tanggal : 27 Jumadil Awal 1441 H / 22 Januari 2020, menjadi “ Pesantren Modern Muhammadiyah Kwala Madu Langkat “.
Pesantren ini merupakan suatu lembaga pendidikan yang lahir sebagai bagian dari amal usaha dan gerakan tajdid Muhammadiyah , didirikan atas dasar Musyawarah Daerah IV Pimpinan Daerah Muhammadiyah Langkat-Binjai di Ranting Jati Karya, Kotamadya Binjai pada tanggal 04 – 06 Juli 1986 tentang pendirian Pondok Pesantren Muhammadiyah Langkat-Binjai dan sebagai lokasinya ditetapkan di Ranting Muhammadiyah Sidomulyo, Cabang Sambirejo, Daerah Muhammadiyah Langkat-Binjai. Luas tanah yang dijadikan sebagai lokasi Pesantren adalah 6800 m2 berasal dari tanah Pimpinan Ranting Muhammadiyah Sidomulyo, Cabang Sambirejo.
Peletakan batu pertama Pesantren ini dilaksanakan pada tanggal 23 Februari 1988 oleh Pimpinan Wilayah Muhammadiyah Sumatera Utara yang diwakili oleh al-Ustaz T.A. Latief Rusydy merangkap sebagai muballigh, Bupati Langkat (H. Marzuki Erman), Wali Kotamadya Binjai (H. Syarifuddin), Ka. Kanwil Departemen Agama Provinsi Sumatera, Ka. Kandepag Langkat dan dihadiri oleh Keluarga Besar Muhammadiyah dan Aisyiyah Tingkat Daerah, Cabang dan Ranting se-Langkat dan Binjai.
Pada Mei 1988 Bapak AR. Fakhruddin (Ketua Pimpinan Pusat Muhammadiyah) didampingi oleh dr. H. Zulkarnaini Tala, Sp.OG dan Ibu Hj. Asmah Malise, BA, Pimpinan Daerah Muhammadiyah Langkat-Binjai Bakhtiar Hasan, Pimpinan Daerah Aisyiyah Langkat-Binjai Hj. Mahyunas serta unsur-unsur Pimpinan Organisasi, beserta undangan lainnya mengunjungi lokasi Pesantren ini setelah selesainya musyawarah Wilayah Muhammadiyah Sumatera Utara di Pangkalan Berandan yakni pada saat sebelum dimulainya tahun ajaran baru. Kemudian pada permulaan Tahun Ajaran 1988/1989 yaitu 17 Juli 1988 telah dimulai kegiatan pembelajaran Tingkat Tsanawiyah dan sebagai Kepala Madrasah sekaligus Pimpinan Pesantren adalah Drs. Zulham Hasibuan.
Penyelenggaraan dan pengelolaan Pesantren pada umumnya mencontoh model Lembaga Pendidikan yang ada di Indonesia yang berasal dari Oulau Jawa, kata “Pondok” melambangkan kesederhaan, sebuah tempat berkumpulnya para pelajar muda yang baik-baik pada sebuah tempat tinggal bersama ustadz dan kyai, dari kata pondok (kamar,gubuk,rumah kecil) melambangkan kesederhanaan bangunan. Mungkin juga kata “Pondok” diturunkan dari kata Arab “ Funduq” (ruang tidur, wisma, hotel sederhana).
Sedangkan kata “Pesantren” secara etimologi berasal dari kata “pesantri-an” berarti “tempat santri”. Santri atau murid mendapat pelajaran dari pemimpin pesantren (kiyai) dan oleh guru (Ulama atau Ustadz). Pelajarannya mencakup berbagai bidang pengetahuan islam. Kata “pesantren” yang terdiri dari kata asal “santri” dengan konfiks “pe-an” yang menentukan tempat, berarti tempat para santri. Kadang-kadang ikatan kata “sant” (manusia baik) dihubungkan dengan kata “tra” (suka menolong) sehingga kata pesantren dapat berarti “tempat Pendidikan manusia baik-baik.
Adapun kata “Modern” yang menjadi kata sifat pada Lembaga Pendidikan ini adalah untuk menunjukkan metode dan gaya Pendidikan dan pengajaran yang akan diterapkan di dalamnya mengikuti perkembangan zaman dan kebutuhan masyarakat yakni perpaduan antara kurikulum yang ditetapkan oleh pemerintah dan beberapa pelajaran tambahan yang ditetapkan oleh pengelola pesantren, begitu juga segala aktivitas yang dikembangkan di dalamnya sebagaimana yang digagas oleh KH. Ahmad Dahlan Ketika mendirikan madrasah yang mengkolaborasikan antara Pendidikan umum dan madrasah.
Sedangkan kata “Muhammadiyah” adalah merujuk kepada sebuah organisasi yang berpusat di Yogyakarta dan mempunyai struktur kepemimpinan hingga ranting, yang menunjukkan bahwa Lembaga Pendidikan ini adalah milik Persyarikatan Muhammadiyah.
Kata “Kwala Madu” adalah meminjam nama komplek Pabrik Gula karena letak pesantren ini berada pada jalan melati dusun I desa sidomulyo menuju kea rah komplek Pabrik Gula Kwala Madu maka masyarakat lebih mudah mengenalnya meskipun lokasi Pesantren ini tidak termasuk bahagian dari lokasi Pabrik tersebut. Kata “Langkat” adalah nama daerah tinglat II di Provinsi Sumatera Utara sebagai tempat Lembaga Pendidikan ini didirikan yakni Kabupaten Langkat.
Pesantren ini didirikan oleh Pimpinan Daerah Muhammadiyah Langkat-Binjai sebagai wadah Pendidikan kader persyarikatan dan kader ulama Muhammadiyah yang memberikan materi pelajaran agama dan Bahasa arab yang mencakup ilmu-ilmu nahu, Sharaf, balaghah, tafsir, ilmu tafsir, ushul fiqih, dan lain sebagainya sebagai persyaratan seorang calon ulama yang diharapkan mampu berijtihad atau melakukan tarjih hukum.
Dalam mendirikan sebuah Lembaga Pendidikan seperti halnya pesantren modern muhamamdiyah langkat-binjai penyelenggara tentu saja memerlukan dana yang cukup besar, oleh karena itu dalam mengawali pembangunannya dimulailah pembangunan ruang belajar yang sangat sederhana terbuat dari dinding papapn melalui iuran dari para anggota pernyarikatan Muhammadiyah yang tersebar di daerah kabupaten langkat dan kotamdya binjai bekerja sama dengan orang tua dan donator. Dan donatur yang sangat berperan sampai tahun 2020 adalah keluarga Bapak dr. H. Zulkarnaini Tala, Sp.OG yang dipercayakan sebagai pengelola pada saat itu.
Untuk mencapai kesempurnaan, maka dalam pengelolaan madrasah dilaksanakan secara kekeluargaan terutama dalam hal pemecahan masalah, seperti hal-hal yang menyangkut dengan pengadaan fasilitas madrasah, Gedung asrama, Gedung belajar, keuangan dan sebagainya. Semua itu dilakukan secara bertahap demi memperlancar proses interaksi edukasi.